社團法人 韓國로타리 總裁團의 모태인 韓國로타리 聯合會는 1959년 서울, 釜山, 大邱, 漢陽, 仁川, 南서울, 大田, 全州, 南釜山 등 9개 클럽이 모여 창립총회를 갖고 초대 회장으로 金東成 총재를 선임하였다. 그 후 1978년 4個 地區 시대가 되면서 1979년 친목을 목적으로 한국로타리 총재단으로 거듭나면서 초대의장에 吳善煥 총재를 선임하였다.

한국로타리가 날로 확대 발전됨에 따라 한국로타리 총재단은 각 지구간의 협조 조정의 강화, 로타리 발전을 위한 사업의 실천 등 새로운 숙제를 안게 되었다. 로타리 발전을 위한 출판, 도서 자료의 수집과 관리, 홍보사업의 강화, 각 지구 자료 통계의 종합, 로타리 발전을 위한 세미나, 연수회 개최 등을 시급히 추진해야 할 사업으로써 이의 추진을 위하여 사단법인 설립이 필요하게 되었다. 그리하여 로타리 총재를 역임한 회원, 현임 총재, 차기,차차기 총재로 지명된 회원을 총 망라하여 총재단을 구성하여 이를 사단법인으로 조직하여 명실공히 한국로타리의 핵심체제를 만들었다.

1986년 6월 28일 吳在璟 총재를 臨時議長으로 하는 사단법인 한국로타리 총재단 창립총회를 개최하여 사단법인 한국로타리 총재단 정관을 승인하고 각 지구로부터 총재 2명씩을 이사로 선임하고 이사회를 개최하여 정관에 따라 초대 의장에 宋仁相 총재, 부의장에 許宗炫, 車南守, 李永好 총재를 선출하고 申應均, 南宮沇 총재를 감사로 선출하였다.

이에 1986년 8월 26일 외무부로부터 법인 설립 승인을 받아 비영리, 비정치단체로써 회원간의 친목을 도모하고 한국내 각 지구간의 유대를 강화하여 한국로타리 운동의 발전을 위한 공동관심사를 토의함을 목적으로 사단법인 한국로타리 총재단이 설립되었다.

초대 의장에 宋仁相 총재를 비롯하여 제2대 의장에 崔鍾澤 총재, 제3대 남궁윤 총재, 제4대 金永徽 총재, 제5대 申泰浩 총재, 제6대 尹大榮 총재, 제7대 尹英遠 총재, 제8대 朴鍾允총재, 제9대에 彭甲柱 총재, 제10대 尹周坼 총재, 제11대 金白鎬 총재, 제12대 方炫(作故)·閔丙晙 총재, 제13대 鄭鎭元 총재, 제14대 任昌坤 총재에 이르고 있으며, 현재 각 지구 2명씩 17개 지구 34명의 이사를 구성하고 있다. 2명의 監事는 총회에서 선임하여 구성하고 있다. 또한 1999년 11월 임시 이사회에서 총재단 사무국을 설치할 것을 결의하였다.

총재단 회의는 1년에 3번씩 개최하다가 1996~97년도부터 한 회기에 1번씩 개최하고 있으며, 총재단 산하 위원회 로타리코리아(2002.7.1 독자운영), 지구확대 회원증강 연구위원회(2000.7.1.부로 해체), 국제위원회, 북한문제 특별위원회(2001.6.5.부로 업무정지), 한국로타리 몽골 방풍림 사업추진 위원회, 한일친선위원회를 두어 한국로타리 발전에 기여하고 있다.